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Tasa de evolución relativa

Tasa de evolución relativa



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Se supone que debo calcular la tasa relativa de evolución de dos secuencias (humana y oveja) con un pollo como grupo externo. Las secuencias son bastante largas, así que solo crearé un ejemplo corto, ya que solo quiero aprender el proceso (se espera que usemos recursos en línea para resolver nuestros problemas de tarea, ya que es una clase en línea, pero no puedo encontrar ninguno. ejemplos).

Humanos: GGATGCGCCT
Oveja: GGACGCGCCT
Pollo: GGACACGCCT

¿Alguien puede mostrarme cómo hacer esto? Aquí está mi suposición de la información limitada que encontré, pero tengo poca o ninguna confianza de que sea correcta:

p-distancia de humano / pollo = 2
p-distancia de oveja / pollo = 1
tasa relativa de evolución = 2/1 = 2

¿Es esto correcto? Si no es así, ¿alguien puede mostrarme cómo hacerlo correctamente?


Este tipo de cosas se calcula normalmente usando la proporción $ K_ {a} / K_ {s} $, la proporción de sustituciones sinónimos y no sinónimos. No es suficiente contar mutaciones para codificar secuencias, también debe tener en cuenta si esa mutación realmente cambiará o no el producto resultante.

Hay varias herramientas en línea que pueden ayudarlo a hacer esto, por ejemplo Phylemon:

http://phylemon.bioinfo.cipf.es/evolutionary.html


Ver el vídeo: Rates of Evolution (Agosto 2022).